Tematyka badań prowadzonych obecnie w Zakładzie koncentruje się na studiach nad bioróżnorodnością światowej fauny owadów (Insecta), skoczogonków (Collembola) i pierwogonków (Protura). W ramach tej tematyki prowadzone są badania nad filogenezą, biogeografią, różnorodnością gatunkową i faunistyczną wszystkich kontynentów nie wyłączając Antarktydy.
W Zakładzie prowadzone są również badania kopalnych krabów (Brachyura) a także studia o charakterze ekologicznym obejmujące owady społeczne oraz mikroorganizmy glebowe.
Pracownicy Zakładu prowadza badania terenowe nie tylko w Polsce i Europie. Szczególnie intensywne zbiory materiałów prowadzone są obecnie w Afryce. Nie mniej istotne są regularne kontakty naukowców z muzeami na całym świecie dotyczące udostępniania i wymiany materiałów badawczych.
Obecnie obiektami badań są owady a w szczególności: motyle z rodzin zwójkowatych (Tortricidae) i podrodziny niedźwiedziówek (Arctiinae), błonkówki (głównie przedstawiciele żądłówek: pszczołowate (Apidae) i mrówki (Formicidae)), oraz dwie grupy siostrzane dla owadów: skoczogonki (Collembola) i pierwogonki (Protura). W wyniku drobiazgowych analiz zarówno morfologicznych jak i genetycznych opisywane są nowe dla wiedzy taksony (gatunki i rodzaje),
Opublikowane wyniki studiów taksonomiczno-faunistycznych i ekologicznych prowadzonych w Zakładzie są wykorzystywane w innych naukach biologicznych, zarówno podstawowych, jak i stosowanych. W szczególności mają one zastosowanie w działaniach praktycznych mających na celu ochronę określonych gatunków, siedlisk czy obszarów.
Zakład ma pod swoją opieką ogromną, stale powiększaną, kolekcję bezkręgowców z całego świata. Obecnie jest to ponad 500 tys. okazów. W zbiorach znajdują się również cenne kolekcje historyczne: dziewiętnastowieczna kolekcja Antoniego Wagi zawierająca owady, a także inne bezkręgowce (m.in. pająki i kosarze), kolekcja Oktawiusza Radoszkowskiego (z drugiej połowy XIX wieku) obejmująca błonkówki z mało dostępnych regionów azjatyckich oraz kolekcja
„Apterygota" prof. Jana Stacha, w której znajduje się wiele materiałów typowych gatunków opisywanych przez Profesora od lat dwudziestych do sześćdziesiątych XX. wieku. Kolekcja skoczogonków i pierwogonków została znacznie powiększona przez prof. Andrzeja Szeptyckiego. Natomiast kolekcję błonkówek znacznie powiększyli prof. Mirosława Dylewska i prof. Waldemar Celary. Należy wspomnieć także kolekcję Microlepidoptera Sergiusza Tolla wzbogacaną
Zbiory te odwiedzane są regularnie przez badaczy z wielu krajów całego świata. Służą do powstania licznych opracowań naukowych a także projektów aplikacyjnych i wystaw.