W Zakładzie Bioróżnorodności Molekularnej prowadzone są badania, które koncentrują się na wykorzystaniu informacji genetycznej w celu poznania zmienności wewnątrz- i między-gatunkowej wybranych zwierząt oraz pierwotniaków. Badania te obejmują zagadnienia z zakresu cytogenetyki, filogeografii, filogenezy molekularnej, ekologii molekularnej i genetyki konserwatorskiej.
Bioróżnorodność genetyczna wymienionych grup organizmów analizowana jest przy użyciu technik biologii molekularnej, np.: sekwencjonowanie (metodami Sangera i nowej generacji), genotypowanie (mikrosatelitarne i polimorfizmów pojedynczego nukleotydu), metabarkodingu, w tym analizy mikrobiomu, barwienie chromosomów (prążki C, fluorochromy, lokalizacja jąderka),
Ponadto w zbiorach Zakładu znajduje się unikatowa na skalę światową żywa kolekcja gatunków rodzaju Paramecium aurelia, a w szczególności zespołu Paramecium.
Drugą grupą tematów badawczych realizowanych w Zakładzie są projekty związane z bioróżnorodnością, ekologią (zespołów, populacyjną i przestrzenną) oraz biologią konserwatorską zwierząt. Badania te wykonywane są z zastosowaniem metod terenowych, w tym z użyciem nowoczesnych technik cyfrowych (fotopułapek, termowizji i in.). Projekty te dotyczą zarówno całych zespołów organizmów,
Zakład prowadzi działalność dydaktyczną i szkoleniową (praktyki dla studentów, staże naukowe, wykłady w szkole doktorskiej) oraz popularyzatorską. Pracownicy Zakładu angażują się także w czynną ochronę przyrody (m.in. tworzenie form ochrony przyrody i ekspertyzy dotyczące planowania ochrony zagrożonych gatunków).